機構長 松本 洋一郎（理事・副学長）
2004年7月26日設置
全学として推進すべき研究プロジェクトについて、総長直轄の寄付研究部門または研究部門を設け、総括することを目的とした研究組織。寄付研究部門、学内研究連携ユニットより成る。
寄付研究部門
学内研究連携ユニット
（代表：小野塚 知二 大学院経済学研究科教授）
- 発達知研究連携ユニット（代表：山本 義春 大学院教育学研究科教授）
- 先端地球物質科学研究連携ユニット（代表：長尾 敬介 大学院理学系研究科教授）
- サービスイノベーション研究連携ユニット
（代表：武市 正人 大学院情報理工学系研究科教授）
- 生命・医療倫理学研究連携ユニット（代表：赤林 朗 大学院医学系研究科教授）
- 戸田御浜再生プロジェクト研究連携ユニット（代表：木下 健 生産技術研究所教授）
- 東大水フォーラム研究連携ユニット（代表：沖 大幹 生産技術研究所教授）
- 現代中国研究連携ユニット（代表：田嶋 俊雄 社会科学研究所教授）
- 死生学研究連携ユニット（代表：島薗 進 大学院人文社会系研究科教授）
- 脳神経倫理研究連携ユニット（代表：佐倉 統 大学院情報学環教授）
- ＮＭＲ利用研究連携ユニット（代表：橘 和夫 大学院理学系研究科教授）
- 構造生物学研究連携ユニット （代表：横山 茂之 大学院理学系研究科教授）
- 航空イノベーション研究連携ユニット（代表：鈴木 真二 大学院工学系研究科教授）
- 知識情報マネジメント研究連携ユニット（代表：吉見 俊哉 大学院情報学環長・教授）
- 東京大学「疾患分子工学」研究連携ユニット
（代表：畑中 研一 生産技術研究所・教授）
機構長 武内 和彦（サステイナビリティ学連携研究機構教授）
2005年7月26日設置
サステイナビリティ学に関する国内外の大学・研究機関間の連携拠点の役割を果たすとともに、関連する研究及び教育を推進し、その発展に寄与し、国際的な拠点としての役割を担うことを目的とした研究組織。
統括ディレクター 住 明正（サステイナビリティ学連携研究機構教授）
2005年10月11日設置
東京大学におけるサステイナビリティ学に関する研究及び教育の推進を目的とした研究組織。
機構長 喜連川 優（生産技術研究所教授）
2006年4月1日設置
地球観測データ統融合に関する研究及び教育を推進し、国内外の大学・研究機関との連携拠点の役割を果たすとともに、その発展に寄与することを目的とした研究組織。
機構長 尾嶋 正治（大学院工学系研究科教授）
2006年4月25日
世界最高の高輝度放射光を用いて生命科学、物質科学についての最先端科学を展開し、卓越した研究成果を出し続けて世界をリードするとともに、関連する研究及び教育を推進して、その発展に寄与することを目的とした研究組織。
機構長 長野 哲雄（大学院薬学系研究科教授）
2006年6月19日設置
我が国最大の公的化合物ライブラリーとスクリーニング基盤を活用し、学内外の研究者と広く連携した革新的な創薬研究の推進の中核を担う研究組織。
機構長 荒川 泰彦（生産技術研究所教授）
2006年10月17日設置
ナノ技術、量子科学及びITハードウェアの先端的融合領域におけるイノベーションの創出のための研究・教育を推進するとともに、国内外の大学・研究機関・企業との連携拠点の役割を果たすことにより、その発展に寄与することを目的とした研究組織。
センター長 堀井 秀之（大学院工学系研究科教授）
2007年5月22日設置
日々蓄積される大量の知識を、知の構造化技術を用いて、知的発見やイノベーション、問題解決、意思決定、人材育成に役立てるための方法論を研究開発し、その成果を社会的に実装することを目的としたネットワーク。
機構長 浦 環（生産技術研究所教授）
2007年7月3日設置
海に関わる教育研究の部局横断的なネットワーク組織。次世代を担う総合的人材の育成に取り組むとともに、海に関わる現代的課題の発掘と、その解決のためのシンクタンクの役割を果たし、もって海洋関連分野における教育研究の国際的な核を形成することを目的としている。
機構長 門脇 孝（医学部附属病院教授）
2007年7月3日設置
先端医療の基礎から応用、実践にいたる研究開発を効率的に進めること（＝トランスレーショナル・リサーチ：橋渡し研究）を主たる目的に、部局横断的に設置された研究組織である。学内におけるトランスレーショナル・リサーチに関わる研究者のコミュニケーション促進や諸課題の解決等を行い、基礎を実践への橋渡しだけでなく、実践から基礎への橋渡しにも貢献することを目指している。
機構長 下山 勲（大学院情報理工学系研究科教授）
2008年3月1日設置
少子高齢社会のわが国が持続的繁栄をなすために、IRT（Information and Robot Technology）を技術基盤とする社会や生活のイノベーションを、総長のイニシアティブのもとに、対等な立場での産学協働と社会学などの分野協働で先端融合的に創出するための研究拠点。
センター長 城山 英明（大学院法学政治学研究科教授）
2008年7月8日設置
東京大学の有する高度で多様な知性を結集して、未来社会や国際社会へ貢献しうる新たな選択肢としての政策提言を提示し、広く社会に貢献することを目的としたシンクタンク機能を果たす研究組織。これまでに高齢化社会、知的財産権、技術ガバナンス、安全保障、医療ＩＴ、テクノロジーアセスメント、市民後見に関する政策提言を発信、または発信準備中である。
機構長 濱田 純一（総長）
2008年11月4日設置
大学の知を活かした教育内容の構築や教員支援を通じ、初等中等教育の向上に資する事業を実施する全国の大学のネットワークである「大学発教育支援コンソーシアム」の中核的役割を果たすとともに、本学の各部局等における関連事業をさらに推進することを目的とした組織。
機構長 鎌田 実（高齢社会総合研究機構教授）
2009年4月1日設置
国内外に散在する個人のエイジング（加齢）や人口の高齢化に関する知見や技術を「ジェロントロジー」という知識体系に集約・構造化するとともに、新たに創成すること、それにより産み出される新しい価値を社会に還元し、高齢社会の諸課題を学際的に解決することを目的とした研究組織。
ネットワーク長 長澤 寛道（大学院農学生命科学研究科長）
2009年4月1日設置
東京大学における生命科学の教育研究に携わる者全体のネットワークの構築、生命科学研究者のコミュニケーションの促進、生命科学分野の知識の統括・構造化及び生命科学に関する教育の支援を行い、もって東京大学の生命科学系教育研究の発展に寄与することを目的としたネットワーク組織。
機構長 大和 裕幸（新領域創成科学研究科教授）
2009年4月1日設置
柏の葉キャンパス駅前に設置される新キャンパス（柏の葉駅前キャンパス）を基点として、大学と産公民とが連携し、大学における研究資源と柏の葉キャンパス駅周辺での諸構想との協調を図りながら、これまでにない枠組みにより新しい社会モデル創成のための教育研究を行うことを目的とした組織。
センター長 赤坂 甲治（大学院理学系研究科教授）
2009年6月9日設置
東京大学全学の協力により、三崎臨海実験所を拠点として、海洋生物学の共同研究を促進し、もって海洋生物学の先端研究、分野
横断的研究及び次世代開拓研究の創出及び国際連携を図ることを目的とした研究組織。
ネットワーク長 藤田 博之（生産技術研究所教授）
2009年7月8日設置
東京大学の複数の部局に渡るマイクロ・ナノ多機能デバイスの工学並びに関連科学の研究者のネットワークを形成し、この研究分野の研究者のコミュニケーションを促進し、学内外に渡る活動を通じて同研究分野の発展を図ることを目的とした組織。
- マイクロ・ナノ多機能デバイス研究ネットワーク
ネットワーク長 古田 元夫（大学院総合文化研究科教授）
2010年4月1日設置
地域やディシプリンを問わず、広く日本・アジアと接点をもつ教育・研究に従事する人のネットワークを構築し、これに伴い研究者間の協力及び交流を活性化し、日本を含むアジアに関わる新しい教育及び研究を創出することにより、東京大学における教育・研究とアジア諸国との友好の発展に寄与することを目的とした組織。
2005年9月13日～2009年3月31日
東京大学の生命科学に関する教育を支援し、その発展に寄与することを目的としたネットワーク。
2006年4月1日～2009年3月31日
学内における生命科学研究者のコミュニケーションの促進、及び生命科学の研究組織に関する課題の解決策の検討、その他生命科学研究者に共通する話題についての議論を行い、もって東京大学の生命科学研究の発展に寄与することを目的としたネットワーク。
2007年7月3日～2010年3月31日
次世代を担う総合的人材の育成に取り組むことを視野に入れ、エネルギーに関わる現代的課題の発掘と、その解決のためのシンクタンクの役割を果たし、もってエネルギー関連分野における教育研究の国際的な核の形成に資することを目的とした、エネルギーに関わる教育研究の部局横断的なネットワーク組織。
2007年10月1日～2011年1月11日
「世界トップレベル国際研究拠点形成促進プログラム」に選定され発足。 現代基礎科学の最重要課題である暗黒エネルギー、暗黒物質、統一理論 （超弦理論や量子重力）等の研究を、数学、物理学、天文学の連携により進め、宇宙の起源と進化の解明を目指す融合型研究拠点。